Des dels seus inicis, la Unipau s’organitza d’acord amb tres grans eixos vertebrals pel que fa a l’equip humà. D’una banda, compta amb un equip de treball, des d’on es plantegen, ideen i discuteixen les activitats principals de l’entitat. D’altra banda, compta amb un equip tècnic encarregat de concretar i materialitzar les activitats que s’ideen des del grup de treball. Finalment, el patronat és l’òrgan que valida tots els projectes i activitats de l’entitat.